1860년 2월 15일 오클랜드의 체어먼 기숙학교는 여름방학을 맞이했다. 오클랜드는 영국의 식민지인 뉴질랜드의 수도였다. 체어먼 기숙학교는 명문으로 상류층 집안의 자녀들이 다닌다. 100여 명 정도의 아이들에게 두 달간의 자유가 주어진다. 몇몇 아이들에게는 특별한 여행계획이 있다. 6주 동안 뉴질랜드 해안을 돌며 여행할 참이다.
프랑스 출신인 13살 브리앙과 11살자크 형제, 브리앙은 머리는 좋았지만 공부를 게을리해서 꼴찌를 한 적도 있지만 마음만 먹으면 금장 1등을 차지할 정도다. 대담하고 적극적이고 친절해서 인기가 많다. 미국인이며 침착하고 관찰력이 뛰어나고 진지하고 꼼꼼한 15살 고든,
영국 귀족 13살의 도니펀과 사촌 크로스, 도니펀은 영리하며 지배하려는 성격으로 브리앙에 대한 경쟁심이 대단했다. 차분하고 신중한 13살 백스터, 제멋대로인 12살 웨이브와 윌콕스, 아코디언 연주에 관심 많은 11살 가넷과 모험 소설에 빠진 서비스, 9살 젱킨스와 아이버슨, 8살 돌과 코스타,
슬루기 호 견습 선원으로 12살 흑인 모코, 그리고 고든의 충실한 사냥개 판이 배에 오른다. 아침 출항 예정이라 선원들은 부둣가 술집에 나가 있었고, 소년들은 설레는 마음으로 배에서 배에서 잠을 청했다.
그런데 배가 선창에 묶어 둔 밧줄이 풀려 바다 한가운데로 떠밀려 간 것이다. 거친 폭풍에 맞서며 바다를 떠돈 지 20일 만에 낯선 무인도에 도착하였다. 뒤늦게 부모들은 바다를 수색했지만 배에서 떨어져 나간 간판을 보고 배가 가라앉았을 거라고 판단하고 수색을 멈췄다.
섬에 도착한 소년들은 모코의 도움으로 식사다운 식사를 마쳤다. 그리고 남은 식량을 확인하고 새알이나 조개, 물고기로 식량을 구하기로 계획했다. 배가 부서질 것을 대비해 무기, 탄약, 의류, 침구, 연장, 신호탄, 대포, 성냥, 램프, 부싯돌, 세계지도 등등 물건을 챙겼다.
소년들은 대표로 골든을 선출했다. 브리앙은 매서운 바람과 파도를 피할 피난처를 찾아 정찰을 나갔고, 도니펀과 친구들은 사냥을 나섰다. 브리앙은 벼랑 꼭대기에서 망원경으로 주변을 살폈다. 그곳은 섬이었다. 도니펀은 믿을 수 없다며 다시 한번 탐험하겠다고 나선다.
날이 좋은 날, 브리앙, 도니펀, 윌콕스, 서비스는 나흘치 식량과 총, 도끼, 망원경 등등을 챙겨 탐험에 나선다. 숲으로 걸어갔다. 누군가 징검다리를 만들어 논 흔적을 찾는다. 개울을 따라 걸으니 오두막과 큰 호수를 발견한다. 사냥개 판을 따라 걸으니 예전 조난자가 살았던 동굴을 발견한다. 시계를 통해 그의 이름이 델푀슈 생말로라는 사실과 그가 만든 섬지도를 발견한다.
소년들은 추운 겨울을 대비해 거처를 옮기기로 결정한다. 뗏목을 만들어 호수를 이용해 동굴까지 짐을 옮겼다. 본격적인 동굴 생활이 시작되었다. 소년들은 겨울을 효율적으로 보냈다. 계획표를 만들어 어린 동생들에게 공부를 가르치고 토요일에는 토론회를 열었다. 손재주가 많은 벡스터의 도움으로 강에서 동굴까지 수도관을 만들어 물을 사용했다.
8월 16일 날이 풀리자 도니펀, 브리앙, 서비스, 윌콕스, 벡스터는 원정길에 올라 바닷가를 탐험한다. 11월 여름이 되자 다시 탐험에 나섰고 인디언들이 쓰는 열매 트륄카와 염소를 얻었다. 12월 15일 소년들은 바다표범을 사냥해서 수백 리터의 기름을 얻었다. 크리스마스가 지나고 1861년이 시작되었다.
이번에는 브리앙, 자크, 모코가 탐험대를 이루어 호수건너편 기슭으로 탐험을 떠났다. 모코가 잣을 따러 간 사이 계속 우울해있던 자크가 자신의 죄를 고백한다. 슬루기 호의 밧줄을 푼 사람이 자크라는 것이다. 브리앙은 동생의 무거운 짐을 대신 짊어진다.
6월 10일 고든의 뒤를 이을 새로운 지도자를 뽑는다. 브리앙이 뽑히고 도니펀은 분노했다. 도니펀은 사사건건 브리앙의 의견에 반대하더니 결국 도니펀은 크로스, 웨브, 윌콕스와 함께 동굴을 떠났다. 도니펀 일행은 폭풍우를 피하던 중 배와 사람의 시체를 발견한다. 놀란 소년들은 숲으로 도망쳤지만 조난자의 시신을 묻어주기 위해 다시 모래사장을 찾는다. 그런데 시체가 사라지고 없는 것이다.
한편, 브리앙은 연을 날려 구조신호를 보내자는 계획을 세운다. 연을 날리려는데 마흔정도 돼 보이는 여자가 나타난다. 그녀의 이름은 케이트고 미국인이다. 그녀는 펜필드 부부의 하녀였는데 발파라이소로 이동 중 배안에서 반란이 일어났고 불이 났다는 것이다. 간신히 보트에 옮겨 탄 후 표류하던 중 이곳에 도착했다는 것이다.
브리앙은 윌스턴과 다섯명의 악당들의 이야기를 듣고 도니펀과 아이들이 걱정되었다. 브리앙과 모코는 권총, 단검, 식량을 챙겨 도니펀을 찾아 나섰다. 모닥불을 따라가보니 재규어한테 공격당하는 도니펀을 발견했다. 브리앙은 단검을 들어 재규어를 찔렀다. 브리앙의 어깨에서 피가 흘렀다. 도니펀은 브리앙의 행동에 감동받아 눈물을 글썽였다.
소년들은 다시 만났고 케이트 아줌마와 함께 지냈다. 다시 한번 구조 신호인 연을 날릴 계획이다. 연을 탈 사람을 뽑는데 자크가 자원하며 죄를 고백했다. 도니펀은 자크를 안으며 용서한다. 연은 브리앙이 탔으며 섬 너머 작은 불빛과 악당들의 캠프를 발견한다.
어느 날, 한 남자가 살려달라며 동굴을 찾아온다. 그는 일등 항해사 에번스였다. 그는 연을 보고 악당들의 감시가 소홀한 틈을 타 도망쳤다는 것이다. 에반스는 이곳이 하노버 섬이며 50킬로미터 떨어진 가까운 곳에 항구가 있다고 알려준다.
그들은 악당을 처리할 계획을 세운다. 에번스와 소년들은 정찰대를 만들어 악당들을 찾아 나섰다. 총격전이 벌어졌고 도니펀이 쏜 총에 악당 파크가 죽었다. 브리앙과 악당 코프가 몸싸움을 벌이고 도니펀이 대신 칼을 맞는다. 악당들은 보트를 타고 도망치다 소년들은 쏜 대포를 맞고 강속에 처박힌다. 총에 맞은 코프는 숲에서 죽었고 록은 중상을 입은 채 함정에 빠져 죽었다.
소년들은 악당들이 타고 온 세번호의 보트를 찾아 수리하였다. 도니펀이 회복하자 마침내 2월 5일 섬을 탈출했다. 2월 13일 증기선을 만났다. 증기선은 소년들을 구조한 후 오클랜드로 데려다주었다. 아이들은 강연회를 통해 2년 동안 모험담을 들려주었고 백스터의 동굴 일기는 책으로 출간될 예정이다. 전 세계 신문은 아이들의 모험담을 전하며 크게 감탄하였다.
