메리는 인도에서 태어났다. 아버지는 영국정부에서 높은 지위를 맡고 있어서 늘 바빴고, 어머니는 파티에 참석하느라 바빴다. 메리는 유모 손에 자라야 했다. 작고 홀쭉한 얼굴에 빼빼 마른 몸 푸석한 금발머리. 메리는 표정이 어둡고 버릇없고 심술궂었다. 메리가 9살쯤, 부모님은 전염병 콜레라에 걸려 세상을 떠났다.
메리는 영국 요크셔에 사는 고모부에게 맡겨진다. 고모부 저택의 가정부 메드록 부인이 메리를 데리러 온다. 고모부는 등이 툭 튀어나온 은둔자였다. 마님이 돌아가시자 성격이 이상해졌다.
저택은 황무지에서 7킬로를 가야한다. 삭막했다. 저택에는 방이 100개나 있다. 어두운 복도를 따라 초상화와 갑옷이 많았다. 메드록부인은 메리에게 방 2개를 주며 다른 방은 들어가지 말라고 경고한다.
메리는 하녀 마사를 만난다. 인도에서는 하녀가 옷도 입혀주고 기분도 맞춰 주었지만, 이곳은 달랐다. 메리는 밥투정을 한다. 마사는 자신의 집은 가난하고, 열네명이나 되는 식구들을 책임져야 한다며 밥투정하지 말라고 나무란다. 그리고 10년 동안 문이 잠긴 비밀의 화원이야기를 해주며 황무지에 나가 뛰어놀라고 말한다.
메리는 채소밭을 가꾸는 벤 할아버지를 만난다. 메리는 가슴이 빨간 새소리를 들으니 기분이 좋아졌다. 메리는 아침마다 여러 정원을 돌며 활기가 돋는다. 아침에 나온 오트밀도 거뜬히 해치웠다. 메리는 울새와 마주쳤다. 울새는 비밀의 화원 안으로 들어갔다.
마님의 화원에는 올라앉기 좋은 늙은 나무가 한 그루 있었는데, 나뭇가지가 부러지는 바람에 땅에 떨어져 크게 다쳤다. 불행이도 마님은 다음날 돌아가셨다. 주인은 슬퍼하며 화원문을 잠그고 열쇠를 땅속에 묻어 버렸다.
메리는 심심해서 서재를 찾아 나선다. 복도에 그려진 초상화를 보며 잠겨진 방들을 확인한다. 아이 울음소리가 들렸다. 열쇠다발을 든 메드록 부인과 마주치고 방으로 돌아간다.
메리는 외로움을 달래며 정원 담을 따라 걸었다. 울새가 땅위로 앉으며 비밀의 화원 열쇠 위치를 알려준다. 메리는 담쟁이덩굴을 잡아채자 열쇠 구멍이 나왔다. 비밀의 화원은 신비로웠다. 메리만의 정원이었다. 메리는 마사에게 돈을 주며 정원을 가꿀 도구와 꽃씨를 부탁했다. 마사는 디콘에게 부탁했다. 메리와 디콘은 친구가 된다.
거센 빗소리가 들리는 한밤중, 울음소리가 들린다. 메리는 천으로 가려진 문을 열었다. 커다란 침대위에 한 남자아이가 누워 울고 있었다. 아이는 깡말라 아픈 사람 같았다. 고모부의 아들 콜린 크레이븐이었다. 아이는 아빠처럼 등에 혹이 생기고 병들어 죽을 거라고 울먹었다. 그날 밤, 둘은 많은 이야기를 하며 친구가 된다. 비밀의 화원에 대해 이야기한다.
메리는 휠체어를 밀어 줄 남자아이를 데려오겠다고 약속한다. 메리는 인도의 왕 꼬마 라자 이야기를 해준다. 그리고 디콘을 소개한다. 디콘은 황무지에 대해 이야기하며 같이 가자고 한다. 더 이상 자신은 외톨이라고 생각하는 심술 맞은 여자아이와 자기가 죽는다고 믿는 병약한 남자아이는 보이지 않았다.
봄이 되자, 황무지는 아름다운 곳으로 변했다. 메리와 디콘은 새끼여우를 돌보며 정원을 가꿨다. 울새는 둥지를 틀었다. 콜린을 정원으로 데려오기로 계획한다. 메리는 콜린에게 아픈 건 니 히스테리 때문이라고 나무란다. 메리는 콜린의 등을 보며 혹 같은 건 없다고 몸이 너무 말라 등뼈가 만져지는 거라며 위로한다.
콜린은 디콘이 데려온 동물들을 만지며 활기를 되찾는다. 셋은 비밀의 화원으로 간다. 콜린은 걸음마 연습을 하며 조금씩 걷기 시작한다. 여행갔던 고모부가 돌아오고 어색하지만 걸어 다니는 콜린을 보며 감동한다. 비밀의 화원은 예전 모습을 되찾고 가정엔 행복이 찾아온다.
상실의 상처를 회복하는 방법은 사람들을 만나 사랑을 전달받는 것이다. 사람들을 통해 위로받고 감동을 받으며 다시 살아갈 힘을 얻는 것이다. 함께 산다는 것이 얼마나 좋은 것인지 보여주는 소설이었다.
